Thông Đàn là một cụm gồm 3 điểm di tích (được các nhà khảo cổ học gọi là Thông Đàn 1, Thông Đàn 2 và Thông Đàn 3) phân bố trên 3 sườn núi kéo dài về phía Tây Nam của núi Vây Rồng, trên độ cao trung bình 430 đến 480m so với mặt nước biển. Có nhiều cách giải thích về địa danh Thông Đàn. Có ý kiến cho rằng do ở đây có nhiều cây thông cổ thụ nên gọi là Thông Đàn; ý kiến khác thì cho rằng do có nhiều cây thông cổ thụ, thân và tán cây lớn, ngồi dưới tán cây mỗi khi gió thổi các âm thanh nhiều cung bậc giống như một giàn nhạc mà mỗi cây thông là một nhạc công vì thế nên gọi là Thông Đàn.
Cả ba điểm di tích tại Thông Đàn đều tìm thấy các dấu vết từ thời Trần cho đến thời Lê, Nguyễn, trong đó Thông Đàn 1 ở giữa và nằm trên con đường chính lên am Ngọa Vân đóng vai trò như trục chính của cả khu Thông Đàn. Tại đây, từ năm 2007 đến 2009 các nhà khảo cổ học đã tiến hành các cuộc điều tra và nghiên cứu khảo cổ học. Kết quả khai quật, nghiên cứu khảo cổ học đã cho thấy từ thời Trần tại Thông Đàn 1 đã có các công trình kiến trúc bằng gỗ, mái lợp ngói mũi sen được xây dựng để làm nơi thờ tự, các thời sau tiếp tục tôn tạo, xây dựng và phát triển.
Thời Lê trung hưng, cuối thế kỷ 17, đầu thế kỷ 18 là giai đoạn phục hưng mạnh mẽ của Thiền phái Trúc Lâm, quần thể di tích Ngọa Vân được trùng tu, tôn tạo và mở rộng, Thông Đàn 1 cũng được tôn tạo và mở rộng. Dưới thời Lê Trung hưng, tại đây có 2 tòa tháp bằng đá.
Tháp thứ nhất được xây dựng ở cấp nền trên là Tháp Thờ Phật (Phụng Phật tháp).
Tháp thứ hai được xây dựng ở cấp nền dưới là tháp mộ của một vị Thiền sư mà theo bài vị đặt trong lòng tháp thì thiền sư này thuộc Thiền phái Trúc Lâm, có tên chữ là Viên Mãn Chân Giác. Vì thế tháp này còn được gọi là tháp Viễn Mãn Chân Giác thiền sư.
Hai tòa tháp này tồn tại cho đến khoảng những năm 80 của thế kỷ 20 thì bị sập đổ. Năm 2012, hai tòa tháp đã trùng tu phục dựng lại, khuôn viên di tích Thông Đàn 1 cũng được xây dựng lại như hiện nay.
Những khảo sát mới đây đã tìm thấy ở phía trên của tháp Phụng Phật, nơi có một mặt bằng rộng khoảng 40m2, nằm cao hơn so với khu vực tháp khoảng 50m có một nền kiến trúc, nền kiến trúc này có thể là một Tịnh thất, nơi dành cho việc tu thiền. Các Tịnh thất kiểu này cũng được tìm thấy ở cụm chùa Ngọa Vân và ở khu Đá Chồng. Ở chùa Hồ Thiên tịnh thất cũng được xây dựng ở trên đỉnh núi phía sau chùa, điều này cho thấy đặc trưng về cấu trúc mặt bằng của một cụm chùa của Thiền phái Trúc Lâm.
Th.S: NGuyễn Văn Anh